El 17 de abril de 1998 con la bula Sacrorum Antistites del Papa San Juan Pablo II erigió la Diócesis de Puntarenas, quedando integrada por los cantones de Aguirre y Parrita que pertenecían a la Diócesis de San Isidro, y los cantones de Garabito, Esparza, Montes de Oro y Puntarenas que pertenecían a la Diócesis de Tilarán. Así, con este documento pontificio se le constituyó responsable de la evangelización del litoral Pacífico Central y el Golfo de Nicoya, con una extensión de 3.654 Km2. La Diócesis de Puntarenas está conformada por 19 parroquias, cuenta en la actualidad con 26 sacerdotes y un diácono, además de 7 jóvenes que se preparan en distintas etapas y experiencias de su formación presbiteral.
Su primer obispo fue el generaleño Mons. Hugo Barrantes Ureña, quien sirvió en esta tierra desde su ordenación episcopal acaecida en el Estadio Lito Pérez de esta ciudad porteña el 16 de julio de 1998 en la solemnidad de la patrona de esta diócesis, hasta el 13 de julio del 2002 cuando el mismo San Juan Pablo II le encomienda la misión de ser Arzobispo de la Arquidiócesis de San José.
Su actual obispo es Mons. Óscar Fernández Guillén, quien siendo oriundo de Cartago es preconizado como obispo el 4 de junio del 2003 y recibe la Ordenación Episcopal en el mismo estadio puntarenense el 25 de julio de aquel año. Cabe destacar que Mons. Fernández funge también como presidente de la Conferencia Episcopal de Costa Rica desde septiembre del año 2011.
Finalmente, podemos decir que la Diócesis de Puntarenas está unida a la historia de la Iglesia Particular de San Isidro de una especial forma, pues nuestro primer obispo Mons. Delfín Quesada Castro llegó a las tierras generaleñas en 1955 procedente de Puntarenas donde se había distinguido por su servicio como abnegado párroco, años más tarde será el párroco de San Isidro e hijo de esa tierra quien viene a Puntarenas como también su primer obispo, Mons. Barrantes; vemos acá, esos bellos hechos de la gracia de Dios. Por eso, hoy Sinaí se siente feliz, de volver acá a Puntarenas, cabecera de la Provincia que comprende 5 de nuestros cantones de la Diócesis de San Isidro y llevando en nuestro corazón por siempre los territorios de Aguirre y Parrita que fueron de nuestra jurisdicción.